部活の廃部を阻止するために奮闘するミステリー研究会の面々。しかしそんな彼女たちに謎の人物“X”が挑戦状を叩きつけてきた…。

近隣の高校との合併により廃校が決まった東西高校に通うミステリー研究会、通称「ミスケン」の部員達。校長から廃校による部活動整理の為、規定の部員数に達しなければ廃部と言われさあ大変！翌日よりあの手この手で部員の勧誘を行ったが上手く行かず。ついには自らが探偵となって学校内に起こる事件を解決しその名をあげようと画策する。しかしそんな彼女らの行く手を遮る謎の人物“X”が挑戦状を叩きつけてきた。